Dėl įdiegtų naujų nuotekų valymo įrenginių pastebimai pagerėjo Kauno ir Kuršių marių vandens kokybė. Sumažėjo intensyvus vandens „žydėjimas“, kurį dažniausiai sukelia per didelis maistinių medžiagų, ypač fosforo, kiekis. Tačiau azoto koncentracija išlieka aukšta dėl pasklidosios taršos poveikio. Stebėjimai rodo, kad nuo 2000 m. bendrojo fosforo kiekis Kuršių mariose ir Baltijos jūros priekrantėje mažėja. Tuo tarpu bendrojo azoto kiekis Kuršių mariose išlieka stabilus, o Baltijos jūroje stebimas nežymus mažėjimas. Svarbu paminėti, kad bendrasis fosforas ir azotas apibūdina bendrą šių elementų kiekį vandenyje, neatsižvelgiant į jų cheminę formą (pvz., organinę ar neorganinę).

Nors intensyvus Baltijos jūros vandens „žydėjimas“ pastaraisiais metais sumažėjo, ši problema vis dar aktuali. Vienas iš siūlomų sprendimų – surinkti fitoplanktoną (mikroskopinius vandens augalus) ir panaudoti jį biokuro gamybai. Toks sprendimas leistų ne tik išvalyti jūrą nuo perteklinių dumblių, bet ir gauti atsinaujinančios energijos šaltinį. Svarstoma galimybė taikyti panašią praktiką ir Kauno bei Kuršių mariose, kur taip pat susiduriama su fitoplanktono pertekliaus problema.

Intensyvi žemės ūkio veikla, ypač perteklinis trąšų ir pesticidų naudojimas, lemia didelę dirvožemio ir požeminio vandens taršą. Ypač nepageidaujamas yra azoto perteklius dirvožemyje. Kai kuriose Vakarų Europos šalyse 2005 m. duomenimis, perteklinio azoto kiekis viršijo 100 kg/ha, tuo tarpu Lietuvoje šis rodiklis siekė 20-30 kg/ha. Didelį pavojų kelia nitratinis azotas, kurio didelius kiekius žmonės gali gauti su maistu ir geriamuoju vandeniu. Rūgštieji krituliai taip pat neigiamai veikia dirvožemį, ypač Skandinavijos šalyse, kur dirvožemyje yra mažai šarminių metalų ir dėl to jis pasižymi prastomis buferinėmis savybėmis. Tinkamas dirvožemio pH turėtų būti didesnis nei 6,0, tačiau dėl rūgščiųjų kritulių poveikio jis gali sumažėti iki 5,0 ar dar mažiau. Rūgštėjimo procese vandenilio jonai išstumia kitus svarbius augalams mitybos elementus, tokius kaip kalcis, magnis, kalis.

Lietuvoje komunalinių nuotekų išvalymo lygis žymiai pagerėjo. Anksčiau, 2000 m., tik nedidelė dalis, apie 14%, nuotekų buvo išvaloma iki nustatytų reikalavimų. Šiuo metu šis skaičius išaugo iki 80%, o ateityje planuojama pasiekti net 95% išvalymo efektyvumą. Ši pažanga teigiamai veikia paviršinių vandens telkinių būklę, užtikrindama švaresnį vandenį. Tačiau, nepaisant šių teigiamų pokyčių, didelį susirūpinimą kelia pasklidoji tarša, ypač nitratais. Dėl šios taršos daugelis vandens telkinių neatitinka geros ekologinės būklės kriterijų. Labiausiai nitratais užteršti yra šiaurės, vidurio ir pietvakarių Lietuvos upių baseinai.

Dėl įdiegtų nuotekų valymo įrenginių ir kitų aplinkosaugos priemonių pastebimai sumažėjo sunkiųjų metalų, pesticidų ir kitų nuodingųjų medžiagų koncentracijos vandens telkiniuose. Tačiau tam tikri specifiniai teršalai, pavyzdžiui, polichlorinti bifenilai (PCB), kelia didelį susirūpinimą. PCB yra labai patvarūs cheminiai junginiai, kurie kaupiasi gyvųjų organizmų audiniuose ir kyla mitybos grandine. Jie gali sukelti genetines mutacijas, vėžinius susirgimus, pažeisti nervų sistemą. Šie teršalai į žmogaus organizmą dažniausiai patenka per maistą, o didžiausia jų koncentracija aptinkama mitybos grandinės viršūnėje – žmogaus organizme. Tyrimai rodo, kad nuo 1980 iki 2005 m. kadmio, vieno iš sunkiųjų metalų, koncentracija Baltijos silkių audiniuose sumažėjo.

Rūgštieji krituliai, kuriuos sukelia atmosferos tarša sieros ir azoto oksidais, sukėlė didelį ežerų rūgštėjimą, ypač Skandinavijos šalyse. Dėl šio reiškinio 1950–1980 m. laikotarpiu daugelyje ežerų išnyko augalija ir žuvys. Nustatyta, kad žuvys visiškai išnyksta, kai vandens pH nukrenta žemiau 4,5. Vienintelis efektyvus būdas atkurti tokių ežerų gyvybę – kalkinimas, t. y. šarminių medžiagų įterpimas į vandenį. Lietuvoje ši problema nėra tokia aktuali, nes mūsų ežerų vandenyje ištirpusių medžiagų kiekis yra didesnis, todėl vanduo turi geresnes buferines savybes, t. y. gebėjimą neutralizuoti rūgščių poveikį.