Žmogaus veikla, tokia kaip kelių tiesimas, kalnakasyba, pramonė, transportas, žemės ūkio plėtra ir miškų kirtimas, kelia pavojų gamtai ir biologinei įvairovei. Dėl šios veiklos nyksta natūralios buveinės, o tai gali lemti rūšių išnykimą ir ekosistemų nestabilumą. Biologinės įvairovės išsaugojimas yra būtinas siekiant užtikrinti gyvybiškai svarbių išteklių, pavyzdžiui maisto, prieinamumą ateityje. Svarbios priemonės: saugomų teritorijų kūrimas, nykstančių gyvūnų veisimas, taršos ribojimas ir visuomenės švietimas.

Baltijos jūra yra viena nešvariausių pasaulyje. Tarša į ją patenka su upių ir gruntiniais vandenimis. Intensyvi žvejyba, išmesti plastikai, naftos išsiliejimas ir laivyba kenkia jūros biologinei įvairovei. Siekiant apsaugoti jūrą, steigiamos saugomos jūrinės teritorijos, pavyzdžiui, Pajūrio regioninis parkas, kuriame saugoma Baltijos jūros priekrantė ir migruojantys paukščiai.

Invazinės rūšys, pavyzdžiui, iš Šiaurės Amerikos kilęs rainuotasis vėžys, kelia grėsmę vietinėms rūšims. Rainuotasis vėžys plinta Lietuvoje, užimdamas lietuviškų plačiažnyplių ir siauražnyplių vėžių buveines, platina vėžių marą ir išstumia vietines rūšis. Kitos invazinės rūšys: dygliavaisis virkštenis, ondatra, Sosnovskio barštis.

Kuršių nerija, įtraukta į UNESCO pasaulio paveldo sąrašą, yra unikali gamtinės įvairovės teritorija. Čia yra išskirtinė smėlynų augalija (pušynai) ir gyvūnija, eina paukščių migracijos kelias. Grėsmę rūšių įvairovei ir kraštovaizdžiui kelia gamtos stichijos, gaisrai, turizmas ir kita žmogaus veikla.

Punios šilas, esantis Nemuno kilpų regioninio parko dalis, yra vienas vertingiausių miškų Lietuvoje, sengirė, pasižyminti didele biologine įvairove. Jame aptinkama daug nykstančių, saugomų rūšių. Planuojama išplėsti teritoriją, kuriai būtų suteiktas gamtinio rezervato statusas.

Lietuvoje steigiamos įvairios saugomos teritorijos, siekiant apsaugoti gamtos vertybes ir biologinę įvairovę. Pagrindiniai saugomų teritorijų tipai yra rezervatai, nacionaliniai parkai ir regioniniai parkai. Kiekvienas tipas turi skirtingus apsaugos tikslus ir apribojimus.

Žuvinto rezervatas yra pirma saugoma teritorija Lietuvoje, įkurta gamtininko Tado Ivanausko iniciatyva. Žuvinto biosferos rezervatas yra labai svarbus dėl daugybės jame randamų augalų ir gyvūnų rūšių, kurių nemaža dalis yra įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvintas taip pat svarbus migruojantiems paukščiams.