Sovietų Sąjunga naikino privačią nuosavybę ir verslą. Smulkios įmonės buvo apdėtos dideliais mokesčiais, o 1949 m. privataus verslo nebeliko. Pradėta industrializacija, kuriant sunkiosios pramonės įmones. Agrarinėje Lietuvoje vykdyta žemės ūkio politika. Iš pradžių vykdyta tariama žemės reforma, atimant žemę iš „buožių“, partizanų, tremtinių ir išdalijant ją kolaborantams. 1948 m. pradėta masinė prievartinė kolektyvizacija, siekiant sunaikinti privačią nuosavybę. Žmonės priešinosi, bet teroras, trėmimai ir mokesčiai palaužė jų valią. 1949–1950 m. į kolūkius suvaryta apie 90% valstiečių. Už darbą kolūkiuose mokėta labai mažai, o išstoti iš jų buvo beveik neįmanoma. Žemės ūkio gamyba smuko. Prievartinė kolektyvizacija sunaikino lietuviško kaimo dvasines šaknis, skatino nesąžiningumą ir abejingumą.

1944-1953 m., Raudonajai armijai vėl užėmus Lietuvą, prasidėjo sovietinio režimo atkūrimas, pasižymėjęs dideliu teroru ir žmonių aukomis. Šis laikotarpis, sutampantis su J. Stalino valdymu SSRS, laikomas tragiškiausiu per visą sovietmetį, kuomet visuomenė patyrė totalitarinio režimo prievartą, suvaržymus ir visuotinę baimę.

Sovietų valdžia vykdė masinius gyventojų trėmimus, tremdama partizanų artimuosius, rėmėjus ir valstiečius, atsisakiusius stoti į kolūkius. Masinės deportacijos vyko 1945–1953 m. Ypač daug žmonių išvežta per didžiuosius trėmimus: „Vesna“, „Priboj“, „Osen“. Trėmimai vyko slapta, naktį. Žmonės vežti į atkampiausias SSRS sritis, kur dirbo sunkų darbą atšiauriomis sąlygomis. Iš 136 tūkst. žmonių, išvežtų į tremtį 1941–1953 m., apie 28 tūkst. mirė. Tremtiniai stengėsi išlaikyti žmogiškumą, padėjo vieni kitiems, šventė religines ir tautines šventes.

Nepaisant LKP stiprinimo, dauguma gyventojų ją laikė okupantų įrankiu. Lietuva, kaip ir visa SSRS, buvo įtraukta į fiktyvius rinkimus, kuriuose dažniausiai būdavo tik vienas komunistų partijos paskirtas kandidatas. Rezultatai buvo klastojami. Okupantai ir kolaborantai slopino tautinę ir religinę žmonių savimonę, diegė komunistinę ideologiją, vykdė rusifikaciją. Kultūra stipriai nukentėjo, nes daugelis kūrėjų emigravo, buvo ištremti ar jų kūrybinė laisvė buvo suvaržyta. Visos mokslo ir meno sritys turėjo tarnauti totalitarizmo ideologijai. Naikinta tarpukario spauda ir knygos, klastota istorija, griauti paminklai.

1944–1945 m. Raudonoji armija vėl okupavo Lietuvą, atkurdama totalitarinį komunistinį režimą, panašų į buvusį 1940–1941 m. Iš Maskvos grąžintos LSSR valdžios institucijos, vėl uždrausti Lietuvos valstybingumo simboliai. Okupacinio režimo pagrindą sudarė LKP, SSRS saugumo institucijos, okupacinė kariuomenė ir kolaborantai. Vykdyta stalininė kadrų politika, o centrinę valdžią Lietuvoje prižiūrėjo VKP(b) Centro Komiteto Lietuvos biuras.

Siekdama įbauginti lietuvius, valdžia vykdė terorą, nukreiptą prieš visuomenę. Žmonės buvo kaltinami „tėvynės išdavimu“, „kontrrevoliucine veikla“. Už politinius nusikaltimus skirtos ilgos laisvės atėmimo bausmės ar mirties bausmė. Didžiausias pavojus grėsė pasipriešinimo rėmėjams ir tarpukario Lietuvos veikėjams. Tardymų metu žmonės buvo kankinami, žudomi. Buvusiame nacių Gestapo pastate Vilniuje mirties bausmė įvykdyta apie 1000 asmenų. Dalis aukų palaikų rasta Tuskulėnų dvare. Politiniai kaliniai kalėjo Gulago lageriuose atšiauriausiose SSRS vietose, kur daugelis mirė dėl sunkaus darbo, bado ir ligų. Lageriuose vyko ir medicininiai eksperimentai. Kaliniai kūrė slaptas pasipriešinimo grupes, o po J. Stalino mirties kilo dideli sukilimai. Okupantai vykdė mobilizaciją į Raudonąją armiją, tačiau lietuviai vengė tarnybos. NKVD siautėjo, plėšikavo, degino sodybas. Represuota Katalikų bažnyčia: uždarinėti maldos namai, persekioti kunigai, nužudyti vyskupai.