Bakterijos, archėjos ir eukarijai skiriasi savo ląstelių sandara ir savybėmis. Bakterijos ir archėjos neturi branduolio (prokariotinės ląstelės), o eukarijai turi (eukariotinės). DNR forma bakterijose yra žiedinė be histoninių baltymų, archėjose - žiedinė su histoniniais baltymais, o eukarijuose – linijinė su histoniniais baltymais. Ląstelės sienelės sudėtis taip pat skiriasi: bakterijų sudaryta iš peptidoglikano, archėjų - iš pseudopeptidoglikano, o eukarijų (augalų) - iš celiuliozės, grybų – chitino.

Visi gyvieji organizmai skirstomi į tris domenus: bakterijas, archėjas ir eukarijus. Šis skirstymas daugiausia remiasi ląstelės sandara. Bakterijos ir archėjos yra vienaląsčiai organizmai su prokariotinėmis ląstelėmis (neturinčiomis branduolio), o eukarijai turi eukariotines ląsteles (su branduoliu). Nors archėjos yra prokariotai, jų ląstelių sandara skiriasi nuo bakterijų, pavyzdžiui, ribosomos panašesnės į eukariotų, o ląstelių sienelėse nėra peptidoglikano. Eukarijų ląstelės yra sudėtingiausios, turinčios branduolį ir kitas organeles, tokias kaip mitochondrijos, chloroplastai, endoplazminis tinklas ir Goldžio kompleksas.

Žemėje egzistuoja daugybė organizmų, kuriuos mokslininkai grupuoja pagal ląstelės sandarą, organizmo sudėtingumą, mitybos būdą ir judrumą. Šis skirstymas, remiantis bendrais požymiais ir giminystės ryšiais, vadinamas klasifikavimu. Klasifikavimas vykdomas naudojant taksonominius rangus, o pati biologijos šaka, nagrinėjanti klasifikavimo principus, yra taksonomija.