1949 metų vasario mėnesį įvyko visos Lietuvos partizanų vadų suvažiavimas. Jo metu buvo įkurtas Lietuvos laisvės kovos sąjūdis (LLKS). Vasario 16-osios deklaracijoje buvo paskelbta, kad aukščiausia teisėta valdžia Lietuvoje yra partizanų vadovybė, o pagrindinis kovos tikslas – atkurti nepriklausomą demokratinę Lietuvos Respubliką.

Lietuvos partizaninis karas, trukęs dešimtmetį (nuo 1944 m.), kilo kaip atsakas į ankstesnę (1940-1941 m.) sovietų okupaciją, priverstinę mobilizaciją į Raudonąją armiją, sovietų vykdytą terorą ir viltį, kad Vakarų šalys suteiks pagalbą. Šiame kare dalyvavo savanoriai, vadinami partizanais.

Partizaninis karas prieš Sovietų Sąjungą Lietuvoje vyko trimis pagrindiniais etapais. Pirmasis etapas (1944–1946 m.) išsiskyrė dideliais partizanų būriais, kurie stojo į atviras kovas su NKVD kariuomene. Taip pat vykdavo miestelių užpuolimai ir sovietų valdžios įstaigų naikinimas (pvz., Palių, Kalniškės, Varčios mūšiai). Antrajame etape (1946–1949 m.) partizanai pakeitė taktiką: ėmė veikti mažesniais junginiais, rengė pasalas, aktyviai kovojo su sovietine propaganda, ugdė tautinį sąmoningumą, leido pogrindinę spaudą ir įrenginėjo bunkerius. Šiuo laikotarpiu buvo įkurtas ir Lietuvos laisvės kovos sąjūdis (LLKS). Trečiasis etapas (1949–1953 m.) žymi organizuoto pasipriešinimo pabaigą. Likę pavieniai partizanai buvo intensyviai persekiojami.

Partizaninio karo metu žuvo apie 20 tūkstančių partizanų. Dar apie 12 tūkstančių partizanų talkininkų ir 15 tūkstančių pogrindinių organizacijų narių buvo suimti ir įkalinti. Šis karas aiškiai parodė, kad Lietuva nesitaiksto su sovietų okupacija, sugriovė mitą, esą Lietuva savanoriškai įstojo į Sovietų Sąjungą, ir palaikė laisvės viltį net ir žiauraus sovietų teroro sąlygomis. Partizaninis karas Lietuvoje buvo vienas didžiausių ir atkakliausių pasipriešinimų sovietinei priespaudai visoje Europoje, įrodęs lietuvių tautos ryžtą kovoti už savo laisvę ir nepriklausomybę.

Pagrindinis Lietuvos partizanų tikslas buvo atkurti nepriklausomą ir demokratinę Lietuvos valstybę. Jie aktyviai priešinosi kolūkių kūrimui, trukdė sovietų valdžios organizuojamiems rinkimams ir siekė užkirsti kelią kolonistų iš Sovietų Sąjungos įkurdinimui Lietuvoje. Dauguma Lietuvos gyventojų palaikė partizanus, teikdami jiems visokeriopą pagalbą, o tuos, kurie bendradarbiavo su sovietų valdžia, laikė išdavikais. Partizanai buvo vadinami įvairiais vardais, pavyzdžiui, miškiniais, miško broliais, ar tiesiog kovotojais už Lietuvos laisvę.

Siekdama nuslopinti partizaninį pasipriešinimą, sovietų valdžia naudojo įvairias priemones. Buvo pasitelktos Raudonosios armijos ir NKVD divizijos, ginkluoti sovietiniai aktyvistai ir iš vietos kolaborantų suformuoti naikintojų batalionai (vadinamieji stribai). Stribai vykdė žiaurius nusikaltimus, įskaitant ir į nelaisvę patekusių ar nukautų partizanų kūnų niekinimą. Partizanai, patekę į nelaisvę, buvo žiauriai kankinami. Taip pat buvo naudojamos ir smogikų grupės, kurias sudarė prievarta ar klasta užverbuoti asmenys. Šios grupės vykdė partizanų ir jų rėmėjų žudynes.

Žymiausi partizanų vadai buvo: Jonas Žemaitis-Vytautas (Lietuvos laisvės kovos sąjūdžio pirmininkas, partizanų generolas, sušaudytas 1954 metais), Adolfas Ramanauskas-Vanagas (Dzūkijos ir visos Lietuvos partizanų vadas, LLKS Tarybos prezidiumo pirmininko pavaduotojas, sušaudytas 1957 metais) ir Juozas Lukša-Daumantas (vienas iš Lietuvos partizanų vadų, LLKS atstovas užsienyje, žuvęs dėl išdavystės 1951 metais).