Nors tarp lietuvių ir žydų anksčiau būta nesutarimų, šimtmečius šios tautos sugyveno taikiai. Tačiau sovietinė ir nacistinė okupacijos iš esmės pakeitė santykius. Į Lietuvą įžengusios specialios naikinimo grupės pradėjo žudyti žydus, komunistus ir romus. Nacistams pavyko įtraukti į šiuos nusikaltimus ir dalį vietos gyventojų, kurie žydus, klaidingai tapatinamus su bolševikais, kaltino už visas per sovietinę okupaciją patirtas nelaimes. 1941 m. įvyko žiaurios žydų žudynės Kaune, o vėliau prasidėjo masinis žydų naikinimas visoje Lietuvoje, kurį organizavo vokiečių saugumas, pasitelkiant ir kai kuriuos lietuvių policijos batalionus. Dalis lietuvių, rizikuodami savo gyvybėmis, gelbėjo žydus ir yra įtraukiami į Pasaulio teisuolių sąrašus. Nacistinės okupacijos metais buvo beveik visiškai sunaikinta litvakų bendruomenė – žuvo daugiau nei 90% Lietuvos žydų.

1941–1944 m. Lietuva buvo okupuota nacistinės Vokietijos. Iš okupuotų teritorijų (Lietuvos, Latvijos, Estijos ir dalies Baltarusijos) buvo suformuotas Ostlandas, o Lietuva tapo viena iš jo generalinių sričių. Nors lietuvių savivalda buvo įsteigta, jos teisės buvo ribotos, ji privalėjo vykdyti okupacinės valdžios nurodymus. Okupacijos pradžioje vyko žiaurūs susidorojimai su civiliais ir karo belaisviais. Okupantai perėmė sovietų nacionalizuotą turtą, ūkis buvo pajungtas karo reikmėms, ūkininkai turėjo mokėti duokles, gyventojai buvo mobilizuojami darbams ir karo prievolei.

1944 m. liepą Raudonoji armija įžengė į Lietuvą. Armija Krajova nesėkmingai mėgino užimti Vilnių. Kovos baigėsi 1945 m. sausį, Raudonajai armijai užėmus Klaipėdą. Antrasis pasaulinis karas padarė Lietuvai didžiulių nuostolių: sugriauti miestai, nuniokotas ūkis, pasikeitė geopolitinė padėtis. Daug gyventojų pasitraukė į Vakarus. Lietuva prarado apie 20% gyventojų. Nacizmo sutriuškinimas Lietuvai nereiškė išsivadavimo, o lėmė sovietinių okupantų sugrįžimą.

Vokietija tapo antruoju, po SSRS, Lietuvos priešu. Buvo kuriamos slaptos pasipriešinimo organizacijos, kurios, tikėdamos antihitlerinės koalicijos pergale, nutarė nekovoti ginklu, kad nebūtų pagreitintas sovietų sugrįžimas. 1943 m. įsteigta Vyriausiasis Lietuvos išlaisvinimo komitetas (VLIK'as), vadovaujamas Stepono Kairio, kuris turėjo vadovauti priešinimuisi ir ginti Lietuvos suverenitetą. Priešinimosi dalyviai boikotavo okupantų potvarkius, leido pogrindinę spaudą. Vienas svarbiausių laimėjimų – sužlugdytas lietuvių SS legiono kūrimas. 1944 m., artėjant Raudonajai armijai, buvo sukurta Vietinė rinktinė, vadovaujama generolo Povilo Plechavičiaus, tačiau ji atsisakė paklusti vokiečiams ir buvo nuginkluota. Ginkluotą priešinimąsi organizavo lenkų Armija Krajova ir iš SSRS permesti sovietiniai partizanai, nuo kurių išpuolių nukentėjo ir taikūs gyventojai.

Okupacinė valdžia įvedė vokiečių kalbą valstybinėse įstaigose, griežtą spaudos cenzūrą, uždraudė tautinę simboliką ir šventes, apribojo draugijų veiklą. Nors Laikinoji vyriausybė bandė atkurti švietimo sistemą, šis darbas buvo nutrauktas. Okupantų Generalinio komisariato Kultūros skyrius kontroliavo švietimą, daugiausia dėmesio skirdamas vokiečių kalbai, o tautinių mažumų švietimas buvo ignoruojamas. Aukštosiose mokyklose studentų skaičius smarkiai sumažėjo. 1943 m., kerštaujant už nepavykusį lietuviško SS legiono sudarymą, buvo uždaryti Vilniaus ir Kauno universitetai, kitos aukštosios mokyklos ir mokslo įstaigos, 46 inteligentai išsiųsti į Štuthofo koncentracijos stovyklą.

Nacistai siekė supriešinti Lietuvoje gyvenančias tautas, ypač pablogėjo lietuvių ir lenkų santykiai. Lenkijos emigracinė vyriausybė Vilniaus kraštą laikė Lenkijos dalimi, o lietuvius Rytų Lietuvoje – okupantais. Lietuviai, savo ruožtu, Armijos Krajovos (AK) partizanus, siekusius atkurti Lenkiją prieškario sienomis, taip pat laikė okupantais. Dėl šių nesutarimų kilo ginkluoti susirėmimai, nuo kurių nukentėjo civiliai gyventojai.