SSRS, okupavusi ir aneksavusi Lietuvą, vykdė prievartinę sovietizaciją. Šis procesas apėmė nepriklausomos Lietuvos politinių struktūrų naikinimą ir sovietinės sistemos bei komunistinės ideologijos primetimą. Visos nekomunistinės partijos buvo uždraustos, o Lietuvos komunistų partija (LKP) tapo vienintele legalia politine jėga ir okupacinio režimo atrama. LKP buvo visiškai centralizuota ir besąlygiškai paklusni Josifui Stalinui. Formaliai įteisintas „Liaudies seimas“, vėliau pervadintas į Lietuvos SSR Aukščiausiąją Tarybą, priėmė Lietuvos SSR konstituciją, kuri buvo sukurta pagal SSRS modelį. Prezidento institucija buvo panaikinta, o visi Lietuvos valstybingumo simboliai – vėliava, herbas ir himnas – buvo pakeisti sovietiniais.

Sovietinės ūkio permainos, vykdytos neatsižvelgiant į vietos sąlygas, prasidėjo nuo privačios nuosavybės naikinimo. Įmonės buvo nacionalizuotos, turtas – konfiskuotas, o nacionalinė valiuta – litas – pakeista sovietiniu rubliu. Vykdyta žemės reforma atėmė žemę iš pasiturinčių ūkininkų ir perdavė ją bežemiams bei mažažemiams, taip siekiant sudaryti prielaidas kolektyvizacijai. Kasdienis gyvenimas smarkiai blogėjo: nors atlyginimai formaliai buvo pakelti, kainos sparčiai augo, o prekių ėmė trūkti. Kultūros srityje buvo uždraustos visos nekomunistinės organizacijos, įvesta griežta spaudos cenzūra, švietimas ir kultūra pajungti komunizmo ideologijai, apribota Bažnyčios veikla. Taip pat buvo keičiami gatvių pavadinimai, griaunami tautiniai paminklai, uždraustos lietuviškos ir įvestos naujos sovietinės šventės, naikinama antisovietinė literatūra.

Nors Lietuva nesipriešino okupacijai karine jėga, tai neapsaugojo jos gyventojų nuo masinio sovietų teroro. Šio teroro tikslas buvo įbauginti visuomenę ir sunaikinti visus potencialius režimo priešus. Represijos prasidėjo jau pirmosiomis okupacijos dienomis: žmonės buvo masiškai areštuojami, kankinami, kalinami ir tremiami į tolimas SSRS vietoves. 1941 m. birželio 14 d. įvyko pirmasis didelis masinis trėmimas į Sibirą, kurio metu buvo ištremta apie 18 tūkstančių žmonių. Labiausiai nuo represijų nukentėjo inteligentija, dvasininkai, politiniai veikėjai ir aukšto rango kariškiai. Prasidėjus SSRS-Vokietijos karui, besitraukiantys raudonarmiečiai ir NKVD daliniai vykdė masines žudynes, pasižymėjusias ypatingu žiaurumu (Rainių miškelyje, Pravieniškėse, Panevėžyje, Červenėje ir kitur). Prieš nužudant, aukos dažnai buvo žiauriai kankinamos. Visoje Lietuvoje veikė slapti KGB kalėjimai ir kankinimų kameros.

Sovietų valdžia vykdė masinius valstybės tarnautojų atleidimus, keisdama juos komunistais ir atsiųstais pareigūnais iš SSRS. Ypatingas dėmesys buvo skiriamas jėgos struktūroms – saugumui, policijai, sukarintai Šaulių organizacijai ir kariuomenei. Lietuvos kariuomenė buvo pertvarkyta į Raudonosios armijos 29-ąjį teritorinį šaulių korpusą. Šio proceso metu buvo atleisti ir įkalinti politiškai nepatikimi kariškiai, o kapelionai pakeisti politiniais darbuotojais (politrukais).