Baudžiavos panaikinimas 1861 m. buvo svarbus įvykis, žymintis Lietuvos modernizacijos pradžią, tačiau reformos vyko lėtai ir kėlė daug socialinių neramumų. 1863–1864 m. kilo sukilimas, kurio pagrindinis tikslas buvo atkurti Abiejų Tautų Respubliką ir įgyvendinti socialines reformas. Sukilėlių gretose buvo „baltieji“ (nuosaikesnių pažiūrų) ir „raudonieji“ (radikalesnių pažiūrų) atstovai. Tarp žymiausių sukilimo vadų Lietuvoje buvo Konstantinas Kalinauskas, Zigmantas Sierakauskas ir Antanas Mackevičius. Sukilimas buvo žiauriai numalšintas, o jo pasekmės – masinės tremtys, represijos ir lietuvių spaudos lotyniškais rašmenimis draudimas.

Po 1863–1864 m. sukilimo iš Lietuvos prasidėjo masinė emigracija. Iki pat Pirmojo pasaulinio karo pradžios iš Lietuvos išvyko apie 635 tūkst. žmonių. Dauguma emigrantų buvo žemės ūkio darbininkai ir bežemiai valstiečiai, kuriuos emigruoti vertė sunkios ekonominės sąlygos: lėta krašto ūkio raida ir Rusijos imperijos vykdoma politika. Emigracijai įtakos turėjo ir politinės priežastys – rusifikacija, represijos ir karinė prievolė.

Žemaičių vyskupas Motiejus Valančius XIX a. buvo vienas iš svarbiausių lietuvybės puoselėtojų. Jis siekė, kad Katalikų Bažnyčia taptų svarbiu moraliniu autoritetu, todėl daug dėmesio skyrė švietimui gimtąja kalba, lietuvių kalbos vartojimui bažnyčioje ir lietuviškų knygų rašymui. M. Valančius taip pat inicijavo blaivybės sąjūdį, kuris padėjo sumažinti alkoholio vartojimą ir pagerinti žmonių gyvenimo kokybę. Tačiau vėliau šis sąjūdis buvo uždraustas dėl Rusijos iždo patiriamų nuostolių.

Po 1830–1831 m. sukilimo Rusijos imperija vykdė Lietuvoje aktyvią depolonizacijos, arba nulenkimo, politiką. Šios politikos tikslas buvo panaikinti bet kokias Abiejų Tautų Respublikos valstybingumo apraiškas ir visiškai integruoti Lietuvą į Rusijos imperiją. Buvo vykdomas administracijos rusinimas, panaikintas Trečiojo Lietuvos Statuto galiojimas, uždarytas Vilniaus universitetas, apribotos Katalikų Bažnyčios teisės, į Lietuvą perkeltos rusų šeimos. Depolonizacijos politika turėjo didelių neigiamų padarinių Lietuvos politiniam, ekonominiam, socialiniam ir kultūriniam gyvenimui.