Antrasis pasaulinis karas Lietuvai atnešė milžiniškus nuostolius: sugriautus miestus, nuniokotą ūkį ir didelius gyventojų praradimus. Šalis neteko apie 20% gyventojų dėl sovietų tremties, holokausto, žūčių karo frontuose, rezistencijoje ir emigracijos. Karo pabaiga nereiškė išsivadavimo – šalyje vėl įsigalėjo sovietinis režimas.

Antrojo pasaulinio karo metu tūkstančiai lietuvių kovojo skirtingose pusėse. Vokiečiai formavo lietuvių policijos batalionus, kurie kovėsi prieš Raudonąją armiją. Sovietų Sąjungoje buvo suformuota 16-oji lietuviškoji šaulių divizija, kuri patyrė didelių nuostolių dėl blogo vadovavimo. Lietuvių išeiviai taip pat kovojo JAV ir Didžiosios Britanijos kariuomenėse.

Vokietijos okupacijos metais pablogėjo lietuvių ir lenkų santykiai dėl Vilniaus krašto statuso. Lenkijos emigracinė vyriausybė laikė jį Lenkijos dalimi, o lenkų visuomenė lietuvių savivaldą Rytų Lietuvoje laikė okupantais. Lietuviai Vilnijoje veikiančius Armijos Krajovos (AK) partizanus taip pat laikė okupantais, nes jie siekė atkurti Lenkiją prieškario sienomis. Nacistai, vadovaudamiesi principu „skaldyk ir valdyk“, kiršino abi tautas, kas lėmė AK ir lietuvių policijos bei Vietinės rinktinės susidūrimus, nuo kurių kentėjo taikūs gyventojai.

Nacistinė Vokietija, 1941–1944 m. okupuodama Lietuvą, panaikino bet kokias nepriklausomybės atkūrimo galimybes, pakeisdama sovietinę okupaciją nacistiniu režimu. Laikinoji vyriausybė buvo paleista, įvesta cenzūra, o turtas perimtas vokiečių. Lietuva tapo Ostlando dalimi, su ribota lietuvių savivalda, privalėjusia vykdyti okupacinės valdžios nurodymus. Prasidėjo žiaurūs nusikaltimai, įskaitant taikių gyventojų žudynes ir masines žydų žudynes. Ūkis buvo pritaikytas karo reikmėms, o gyventojai mobilizuoti priverstiniams darbams ir karo prievolei. Lietuviai buvo laikomi rasiškai menkaverčiais, planuota juos deportuoti, sunaikinti ar suvokietinti.

Vokietijos okupacija sukėlė pasipriešinimą, nes buvo suvokta kaip dar viena grėsmė Lietuvos nepriklausomybei, šalia SSRS. Susikūrė slaptos organizacijos, kurios, tikėdamosi antihitlerinės koalicijos pergalės ir bijodamos naujo susidūrimo su sovietais, vengė atviros ginkluotos kovos. Pasipriešinimas pasireiškė boikotuojant okupantų potvarkius, leidžiant pogrindinę spaudą ir sužlugdant mobilizaciją į SS legioną. Už nepaklusnumą buvo baudžiama, pavyzdžiui, uždarant aukštąsias mokyklas ir ištremant žymius visuomenės veikėjus į koncentracijos stovyklas.

Iš SSRS į Lietuvą permesti sovietiniai partizanai ir diversantai siekė paruošti dirvą Raudonosios armijos invazijai. Jų veikla dažnai kėlė grėsmę taikiems gyventojams. Vietiniai gyventojai nepalaikė plėšikaujančių sovietinių partizanų, kurių gretose buvo pabėgę sovietų karo belaisviai ir iš getų pasitraukę žydai.