Ignaco Lojolos įkurtas jėzuitų ordinas (Jėzaus Draugija) buvo svarbus kontrreformacijos įrankis. Jėzuitai pasižymėjo griežta tvarka ir drausme. Kandidatai į ordiną buvo kruopščiai atrenkami, o jų dvasinis ir mokslinis pasirengimas trukdavo iki dešimties metų. Jėzuitai daug dėmesio skyrė švietimui, steigdami mokyklas, kolegijas ir universitetus. Jie propagavo katalikybę, mokydami jaunimą įvairių dalykų. Skirtingai nuo kitų ordinų, jėzuitai aktyviai veikė visuomenėje, stengdamiesi neišsiskirti iš pasauliečių.

Reformacija lėmė esminius skirtumus tarp katalikų ir protestantų (liuteronų ir kalvinistų) tikėjimo. Katalikai tikėjo išganymu per darbus ir tikėjimą, o protestantai – tik per tikėjimą. Katalikai Bibliją naudojo lotynų kalba, ją aiškino tik kunigai, o protestantai – bet kuria kalba, ją aiškindami savarankiškai. Katalikų bažnyčios buvo puošnios, o protestantų – paprastos. Katalikų Bažnyčia buvo hierarchinė, o protestantų bendruomenėse visi buvo lygūs. Apeigos katalikų bažnyčioje vyko lotynų kalba ir buvo prabangios, o protestantų – gimtąja kalba ir kuklios. Katalikų dvasininkai buvo paklusnūs, skaistūs ir specialiai išmokyti, o protestantų pastoriai gyveno pasaulietinį gyvenimą.

Kontrreformacija leido Katalikų Bažnyčiai iš dalies atgauti prarastą autoritetą. Nors protestantizmas buvo pristabdytas, jis neišnyko. Krikščioniškoji Europa liko susiskaldžiusi į stačiatikių, katalikų ir protestantų stovyklas.

Kontrreformacija atgaivino inkvizicijos veiklą, kuri tapo svarbiu katalikų ginklu, nukreiptu prieš protestantus. Inkvizitoriai, vadovaudamiesi principu „tikslas pateisina priemones“, persekiojo ne tik pasauliečius, bet ir dvasininkus. Tačiau ir protestantai nebuvo tolerantiški kitaminčiams. Katalikų ir protestantų nesutarimai dažnai peraugdavo į žudynes ir religinius karus. XVI–XVII a. religiniai konfliktai apėmė beveik visą Europą, išskyrus Abiejų Tautų Respubliką.

Prancūzijoje kalvinistai buvo vadinami hugenotais. 1572 m. Šv. Baltramiejaus naktį (iš rugpjūčio 23 į 24 d.) katalikai surengė masines hugenotų žudynes, kurių metu žuvo apie 3000 žmonių. Šios žudynės paskatino hugenotų emigraciją. Nyderlanduose kilo sukilimas prieš Ispanijos valdžią, kuris baigėsi Olandijos nepriklausomybės pripažinimu. Didžiausi nesutarimai kilo Šventojoje Romos imperijoje, kur protestantai kunigaikščiai atsisakė pripažinti kataliko imperatoriaus valdžią. Konfliktas peraugo į Trisdešimties metų karą (1618–1648), kuris apėmė didžiąją Europos dalį. Labiausiai nukentėjo dabartinė Vokietijos teritorija, kurioje išliko tik trečdalis gyventojų.

XVI a. viduryje, reaguodama į Reformaciją ir jos sukeltą įtakos praradimą, Katalikų Bažnyčia sušaukė Tridento Bažnytinį Susirinkimą. Šis susirinkimas patvirtino popiežiaus ir Bažnyčios autoritetą, apibrėžė tikėjimo pagrindus (Šventasis Raštas ir Bažnyčios nutarimai), paskelbė protestantus eretikais ir sudarė draudžiamų knygų sąrašą (indeksą). Vieninteliu teisėtu Biblijos leidimu paskelbtas lotyniškasis variantas, o jos aiškinimo teisė palikta dvasininkams. Buvo išlaikytas kunigų celibatas, sugriežtinta dvasininkų atranka ir priežiūra. Nors indulgencijų pardavinėjimas buvo uždraustas, Bažnyčios vaidmuo išganant sielas buvo pabrėžtas. Šie veiksmai, nukreipti prieš protestantizmą, vadinami kontrreformacija.